После завершения гуситских войн город оказывается выжженным и разрушенным, работа шахт парализована, они затоплены и засыпаны. Из города бегут богатые немецкие жители. Постепенно чешское население начинает преобладать над немецким за счет новоприбывших чехов.
В начале XV века, во время гуситских войн, Кутна Гора вовлекается в водоворот событий. Город принимает сторону противников гуситского учения и стает очевидцем беспощадной кровавой резни с обеих сторон. Много кутногорского серебра идет на оплату содержания войск императора, подавляющих гуситское движение в стране. Приверженцев гуситского учения сбрасывают в шахты. Повстанцы свирепствуют и в 1421 году поджигают Седлецкий монастырь.
После завершения гуситских войн город оказывается выжженным и разрушенным, работа шахт парализована, они затоплены и засыпаны. Из города бегут богатые немецкие жители. Постепенно чешское население начинает преобладать над немецким за счет новоприбывших чехов.
Несмотря на разруху и многочисленные трудности, добыча кутногорского серебра возобновляется, и город снова принимает активное участие в политических событиях и общегосударственной жизни своего королевства.
В период правления короля Владислава Ягеллонского, сына короля Польши, который был выбран во Влашском (Итальянском) дворе, экономика и культура Чехии, наконец-то, освобождаются от изоляции, в которой оказались из-за гуситских войн.
Начинается буйный расцвет города. Строятся роскошные дома и замки, возобновляется стройка (1471 год) храма святой Варвары, которая была начата в 1388 году.
Но постепенно в шахтах жилы серебряной руды опускаются все глубже и глубже. Техника того времени не может работать в таких условиях. Как следствие этого, в 1574 году перестают чеканить пражский грош. В середине XVI века шахтерский район города поражает необратимый упадок. Прекращается добыча на самой богатой и известной шахте «Осел», На тот момент она пока остается самой глубокой шахтой мира. Положение усугубляется еще и тем, что более дешевое серебро начинают поставлять Германия и Америка.
Кризис завершает тридцатилетняя война, во время которой Кутна- Гору опустошают не только шведские, но и императорские войска. Второй по значимости город государства постепенно превращается в провинциальный городишко. Попытки возобновить добычу руды, ничего не дают. В период II мировой войны немцы начинают добывать здесь свинцовую и цинковую руду. Их разработка продолжается почти до 1991 года. В этом году окончательно закрылась последняя кутнагорская шахта.